En NEOGÉNESIS EVANGELION THE IRON MAIDEN 2ND podemos ver a los protagonistas de la famosa saga de mechas desde un punto de vista diferente más cercano al shojo. Todo va a cambiar en este cuarto volumen: Shinjji ha tenido que luchar contra los ángeles que amenazan la paz de la Tierra y se ha dado cuenta de quién es la persona que más le importa. Además Kaoru ha desvelado por fin sus intenciones.